本分院自民國36年成立於青島匯泉，迄今已逾七十年，經過多次編制變革及更迭，民國95年由三軍總醫院承接改名為「三軍總醫院澎湖院區」，民國104年奉國防部令更銜為三軍總醫院澎湖分院，亦是澎湖老一輩口中所信任的「海軍醫院」。本分院平時除了負責澎湖地區醫療、戰時為第一作戰區聯合醫療中心，更是地區緊重症、重大災變及法定傳染病及產婦接生的主要醫療照護機構。本分院醫師、護理師、藥師等醫技人員均由國防部軍醫局及三軍總醫院遴選優秀派任，且具有豐富醫療經驗之醫護人員執行醫療服務相關任務，為在地10萬軍民提供醫學中心等級的優質醫療服務。
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